Kosningar til hins endurreista Alþingis fóru fram vorið 1844. Jón lét setja sig á kjörskrá í Ísafjarðarsýslu, enda uppfyllti hann kröfur um kjörgengi þar sem hann var orðinn þrítugur og átti jafnframt jarðnæði í sýslunni. Jón náði kjöri og var þingmaður Ísfirðinga alla tíð síðan. Alþingi var háð nokkrar vikur í senn annað hvert ár í húsi Lærða skólans í Reykjavík. Þegar litið er yfir þingstörf Jóns má glöggt sjá hve virkur hann var sem þingmaður og óhræddur við að gagnrýna málatilbúnað af hendi stjórnvalda. Jón þótti einnig afbragðsgóður ræðumaður og leggja mál sitt skipulega fram og af mikilli rökvísi. Hann var lengst af forseti Alþingis og beitti sér fyrir bættum umbúnaði þess og var meðal annars hvatamaður að stofnun sérstaks bókasafns fyrir Alþingi.
„Eg vildi verða fyrstur til, að géta sagt yður, að þér væruð valinn til fulltrúa hérna í sýslu, og Magnús Einarsson til varaþíngmanns.“Úr bréfi frá Gísla Ívarssyni til Jóns Sigurðssonar, skrifað 3. júlí 1844 (Þjóðskjalasafn Íslands. E-10. 4.)